Bij de Duitse inval op 10 mei 1940 werd Vlissingen gelijk gebombardeerd. Vanwege de militair-strategische ligging begonne ook de geallieerden de stad stelselmatig te bombarderen. Vlissingen kende gedurende deze periode 84 bombardementsdagen.
Na de strijd om de bevrijding in november 1944 kon de trieste balans worden opgemaakt. Vlissingen leek op een spookstad. Er was slechts één huis geheel onbeschadigd uit de strijd gekomen!

Wederopbouw

De wederopbouw stond voor de deur en de mensen moesten zo snel mogelijk weer van goede huisvesting worden voorzien. Er werden noodwoningen geplaatst om de ergste nood te lenigen. In korte tijd stelde de gemeente wederopbouwplannen vast voor de stadsdelen die het zwaarst beschadigd waren: Het Eiland, Gravestraat en omgeving en Breewaterstraat en omgeving.Tegelijkertijd zijn er een aantal nieuwbouwwijken met arbeiderswoningen gebouwd, waardoor de bebouwingsgrens rond 1950 de President Rooseveltlaan bereikte. In het uitbreidingsplan van 1953 vormde de President Rooseveltlaan de ruggegraat.

Sanering en uitbreiding

Toen de ergste woningnood voorbij was, begon de problematiek van de binnenstad weer aandacht te krijgen. Er kwam een 'Saneringsplan', dat tussen 1960 en 1970 is gerealiseerd. Centraal stond het oplossen van de verpaupering in een groot deel van die binnenstad en het versterken van het winkelarsenaal. Met name het gebied tussen de Spuistraat, Sint Jacobsstraat en het Betje Wolffplein werd drastisch gewijzigd.
Het inwonertal van Vlissingen nam geleidelijk toe. Begin jaren 60 telde Vlissingen ongeveer 19.000 inwoners. De stad bleef zich in noordwestelijke richting uitbreiden, tot aan de grens van Koudekerke. Aangezien het plan 'Paauwenburg' al op de rol stond, werd overeenstemming bereikt met gemeente Koudekerke om op hun grondgebied een start te maken met de uitvoering van dit plan.

Gemeentelijke herindeling

Op 1 januari 1966 werden door de herindeling de grenzen weer verlegd. Een groot deel van Koudekerke, geheel Oost- en West-Souburg en Ritthem en een stukje Nieuw- en Sint Joosland werd bij de gemeente Vlissingen gevoegd. Mede door de industriële ontwikkeling in Vlissingen-Oost bleef er behoefte bestaan aan woningen. Veel Vlissingers trokken naar de nieuwbouwwijken in Oost-Souburg en later naar de nieuwbouwwijken zoals Westerzicht, Bossenburgh en Rosenburg.

Vlissingen telt anno 2023 ongeveer 45.000 inwoners.