Gesterkt door het feit dat Den Briel zich op 1 april 1572 bevrijdde van de Spanjaarden, nam de Vlissingse bevolking het heft in handen en verdreef het Waalse garnizoen de stad uit en kon zo voorkomen dat een Spaanse vloot nieuwe troepen de stad in kon brengen. Vlissingen was bevrijd van de Spanjaarden. De dwangburcht werd gesloopt en de stad kon zich de 1e grote stadsuitbreiding veroorloven sedert eeuwen.

Uitbreiding

Ten oosten van de stad ontstond een nieuwe woonwijk met de Palingstraat als hoofdstraat en zijstraten zoals de Flessenstraat, Korenstraat en Onderstraat daar haaks op. In diezelfde omgeving liet Willem van Oranje (die de stad had gekocht) er het Prinsenhuis bouwen met prachtige tuinen.
Tegelijk met deze stadsuitbreiding werd ook begonnen met het uitbreiden van de havens: de Pottehaven en de Dok- en Marinehaven. Vanwege deze uitbreidingen en de strategische ligging, werd op gezag van Maurits een begin gemaakt met de aanleg van de Vesting Vlissingen. Hierbij kwamen ook de nieuwe havens binnen de vestingwallen te liggen.

Bloei

Zo heeft Vlissingen er gedurende 2 eeuwen ongeveer uitgezien. Ondanks deze geografische stabilisatie gebeurde er enorm veel, want de 17e eeuw betekende ook voor Vlissingen in economisch opzicht de zogenaamde 'Gouden Eeuw'. De handel bloeide op (oprichting van de VOC en WIC), net als de scheepsbouw, de kaapvaart, de handel met de vijand (80- jarige Oorlog) en de visserij.
In 1594 verrees op de Grote Markt het prachtige stadhuis, een kleinere kopie van het stadhuis in Antwerpen. Ook op cultureel gebied speelde de stad een belangrijke rol met Jacobus Bellamy en Betje Wolff. Ook het Zeeuws Genootschap der Wetenschappen werd in Vlissingen opgericht.

Veranderingen

Bij het naderen van de 18e eeuw begon het voor de Noordelijke Nederlanden en dus ook voor Vlissingen, mis te lopen. De Europese krachtsverhoudingen veranderden, hetgeen consequenties had voor Nederland.
Toch was Vlissingen met circa 8.000 inwoners tijdens de 1e helft van die 18e eeuw een behoorlijke plaats. Omgeven door de vestingwerken met 13 bastions, 9 aan de landzijde en 4 aan de zeezijde. De stad werd afgesloten door 2 landpoorten: de Middelburgse poort (bij de weg naar Koudekerke) en de Rammekenspoort (bij de weg naar Middelburg). Ook waren er 3 waterpoorten, ten oosten en ten westen van de Voorhaven en een waterpoort ten westen van de Marinehaven. Buiten de vesting mocht er niet gebouwd worden.
In en rond de havens wemelde het van de activiteiten.