In 1795 werd het Haags Verdrag gesloten. Hierin stond onder meer dat er in Vlissingen een Frans garnizoen gelegerd mocht worden en dat de havens door beide landen gebruikt mochten worden. Het bleek slechts een papieren overeenkomst. De Fransen deden alsof zij complete zeggenschap over Vlissingen hadden en niet zonder reden.
Frankrijk was inmiddels in oorlog geraakt met Engeland en Napoleon wilde niets liever dan Engeland onder de voet lopen. Napoleon had echter een vloot nodig om dat te realiseren. In de haven van Antwerpen en die van Vlissingen werd een enorme oorlogsvloot gereedgemaakt voor de oversteek naar Engeland.

Bombardementen

Deze dreiging werd de Engelsen te groot. Ook zij zagen in dat Vlissingen strategisch goed was gelegen en in feite een pistool op de borst van Engeland was. De zogenaamde 'Engelse expeditie' in 1809 was het voor Vlissingen dramatische gevolg. De Engelsen landden aan de noordzijde van Walcheren en bestookten Vlissingen vanuit de Westerschelde met brandraketten.
De Franse generaal Monnet kon niet voorkomen dat Vlissingen zwaar werd beschadigd. Behalve het prachtige stadhuis aan de Grote Markt gingen ook 2 kerken en 65 woonhuizen in vlammen op. Veel inwoners hadden de stad al verlaten vanwege de oorlogsdreiging, de hoge kosten door het huisvesten van troepen en de beperkende bepalingen vanwege de handel en visserij. Het inwonertal werd bijna gehalveerd.

Versterking

Na een paar maanden namen de Fransen het heft weer in handen en Napoleon gaf opdracht de stad zodanig te versterken, dat een herhaling niet meer mogelijk was. Bij de wallen werden huizen gesloopt en nieuwe bastions gebouwd. Er kwam een bomvrije kazerne tegen de Gevangentoren en de stad werd omgeven door kroonwerken. In 1807 had Napoleon het grondgebied van de stad al vergroot met 1.800 meter. Dit ging ten koste van Koudekerke en Oost- en West-Souburg. Aan de rand van die uitbreiding liet hij forten en kroonwerken oprichten.

Forten

Tussen Fort Montebello (Nolle) aan de westzijde en Fort St. Hilaire (latere Fort De Ruyter) aan de oostzijde, moesten 3 kroonwerken verrijzen. Het linker kroonwerk is op de huidige plattegrond van Vlissingen nog goed zichtbaar in de vorm van woonwijk ‘Het Fort’.
De Fransen konden hun plannen echter niet geheel uitvoeren, omdat zij in 1814 het land moesten verlaten. Zij lieten Vlissingen berooid achter, de stad moest weer worden opgebouwd.

Marinewerf

De werkgelegenheid kreeg een impuls door het terugkeren van het Loodswezen en de vestiging van de Marinewerf. In 1860 telde Vlissingen ongeveer 10.000 inwoners, die allemaal binnen de vesting leefden. Er ontstond een huisvestingsprobleem, want er mocht nog steeds niet buiten de vesting worden gebouwd.
Toch kreeg Vlissingen weer een tegenslag te verwerken: De Marinewerf werd opgeheven en verplaatst naar het noorden van het land. Ook de garnizoenen verdwenen. De stad dreigde weer in een economische malaise weg te zakken. Toen gebeurde er iets, waardoor Vlissingen enorm zou veranderen!